东汉和帝永元年间置汉昌县，属益州巴郡；西晋建兴元年改名汉兴，隶属梁州宕渠郡；东晋安帝时，汉兴复名汉昌，延昌三年（504年）置巴州。其后州郡更迭，至民国二年（1913年）改巴州为巴中县，并设江口分县署，属川北道（治阆中）；民国3年（1914年）改属嘉陵道（治南充）；川陕苏区时期，境内置3县（巴中县、恩阳县、长胜县）1市（巴中特别市）。民国24年（1935年），川政统一后，巴中属四川省第十五行政督查区（驻达州市）。1949年12月21日，巴中和平解放。1950年1月19日，成立巴中县人民政府，属西南区川北行政区达县专区。1952年9月1日，改属四川省达县专区（地区）。1993年7月27日，撤销巴中县，改立巴中市（县级）；是年10月28日，巴中市人民政府对外正式挂牌。2000年11月28日，撤销巴中地区，设立巴中市，巴中市（县级）更名为为巴中市巴州区。2013年1月，经国务院、省人民政府批复同意，调整巴中市巴州区部分行政区划，设立巴中市恩阳区。至今，巴州区幅员面积1285平方公里，辖东城、西城、回风、江北、宕梁、玉堂6个街道办事处，大茅坪、清江、水宁寺、化成、曾口、梁永、三江、鼎山、大罗、枣林、平梁、光辉、寺岭、梓橦庙、凤溪15个镇，花溪、大和、白庙、关渡、凌云、金碑、羊凤、龙背8个乡， 369个行政村，63个社区居民委员会。